① 回收dna胶时若要稀释是用depc水稀释吗
DNA比较稳定,DEPC主要是处理RNase的,在有RNA样品时使用.
不太明白,如果是胶回收,一般都直接用试剂盒,里面带的buffer就可以用.
你说的应该是回收以后的稀释吧.主要看稀释后样品做什么用,一般用超纯水稀释就可以了.
② dd水,DEPC水,去离子水,蒸馏水分别是什么,有什么区别
dd水:
是经过两次蒸馏过的超纯水。超纯水(Ultrapurewater)又称UP水,是指电阻率达到18MΩ*cm(25℃)的水。这种水中除了水分子外,几乎没有什么杂质,更没有细菌、病毒、含氯二恶英等有机物,当然也没有人体所需的矿物质微量元素,也就是几乎去除氧和氢以外所有原子的水。
DEPC水:
是用DEPC(diethyl pyrocarbonate,焦碳酸二乙酯)处理过并经高温高压灭菌的超纯水(一级水),无色液体。经检测不含杂质RNA、DNA和蛋白质。DEPC水可以用于RNA沉淀的溶解,含有RNA的各种反应体系如反转录、siRNA的退火等,以及其它各种要求无RNase、DNAase和proteinase的反应体系。
去离子水:
是指除去了呈离子形式杂质后的纯水。国际标准化组织ISO/TC 147规定的“去离子”定义为:“去离子水完全或不完全地去除离子物质。”如今的工艺主要采用RO反渗透的方法制取。应用离子交换树脂去除水中的阴离子和阳离子,但水中仍然存在可溶性的有机物,可以污染离子交换柱从而降低其功效,去离子水存放后也容易引起细菌的繁殖。
蒸馏水:
是指经过蒸馏、冷凝操作的水,蒸二次的叫重蒸水,三次的叫三蒸水。低耗氧量的水,加入高锰酸钾与酸工业蒸馏水是采用蒸馏水方法取得。词条详细介绍了蒸馏的概念、蒸馏水、多次蒸馏水、蒸馏水的标准、制作方法、优点、用途;并且与去离子水、高纯度水、超纯水进行了对比分析。
dd水,DEPC水,去离子水,蒸馏水主要区别就是纯净度和水质的稳定性。
③ 无RNA酶水(RNase-free &DNase-free水)是指DEPC处理过的超纯水吗可以直接用来溶解RNA吗
外源RNA酶处理一下超纯水就可以溶解RNA了。
④ 我想问做PCR扩增应该注意的事项
注意] 1、整个操作要带口罩及一次性手套,并尽可能在低温下操作。
另外,提取上清这步一定要小则歼心,靠近沉淀的部分一定要舍得不要,要不然会有蛋白质污染,影响比值
2、加氯仿前的匀浆液可在-70℃保存一个月以上,RNA沉淀在70%乙醇中可在4℃保存一周,-20℃保存一年。
总mRNA的提取(自己的经验)
一、 关于Trizol Reagent需要的试剂
1. Chloroform:氯仿 (分析纯)
2. Isoproplyl alcohol:异丙醇(分析纯)
3. 75% Ethanol(in DEPC-treated water):75%乙醇。要求用分析纯无水乙醇并用0.01%的DEPC处理过的无Rnase的水稀释。
4. RNase-free water:无Rnase的水。方法是:将DEPC按0.01%(V/V)加在d H2O中500ml(50ul),在37℃过夜,并高压灭菌即得(150℃ 3小时)
5. 一次性塑料手套
6. 注意:DEPC有致癌之嫌
二、 关于Trizol Reagent的使用过程:
1. Homogenization(匀浆)
a. Tissues:组织
每100mg组织匀浆加1mlTrizol试剂,样品体积不能超过Trizol试剂的10%。
b. Cells Grown in monolayer(单层细胞接毒后出现病变的)
针对JEV细胞总RNA的抽提法:
BHK21细胞长成单层后,接毒0.5-1ml(采用大瓶),37℃吸附1h,倒掉,加维持液(含2%的血清和HEPE8的MEM)约5ml,维持天。出 现75%-100%的病变时,以PBS(预冷)冲洗细胞两次,直接在细胞瓶中加入Trizol试剂1ml/10cm2,吹吸几次,以裂解细胞(细胞瓶有两 种常用规格:大的约45cm2,小的约30cm2,故所用Trizol试剂分别约为4.5ml和3ml。Trizol试剂的加入是依细胞瓶而定,以盖满瓶 底为度,而不是依据细胞的数量,否则可导致DNA的污染)具体方法如下:(样品一定要新鲜)
(1) 组织接入预冷的EP管中,加入Trizol试剂1ml/10cm2(量一定要加足,否则易污染),混匀,吹吸几次,以破裂细胞,置室温5min,以使核蛋白复合物彻底分离。
(2) 加氯仿0.2ml(每1ml Trizol试剂加入氯仿0.2ml),盖好,剧烈震荡15s,置室温2-3分钟。
(3) 4℃离心,10000g×15min,离心后,混合物将分离为底层为浅红的、中层为酚-氯仿相、上层为无色的水相。RNA包含在水相中,水相的体积约相当于所加的Trizol试剂量的60%。
(4) 仔细吸取上层水相,移至另一EP管中。
(5) 加0.5ml异丙醇,以沉淀RNA(每1ml Trizol试剂加入0.5ml异丙醇)高盯轮,置室温10min。
(6) 4℃离心,10000g×10min。RNA沉淀为一层如凝胶样透明的小块附在管底和管壁。
(7) 弃上清液,加入预冷的75%乙醇1ml(每1ml Trizol试剂加入75%乙醇至少1ml),震荡,充分洗涤沉淀,4℃离心,5500g×5min。弃上清液,空气干燥(或真空干燥)后,沉淀重悬于无 Rnase dH2O中,吹吸几次,55℃-60℃作用10分钟以溶解RNA,-70℃保存备用。
(8) 抽提出的细胞总RNA干燥后加水50ul,取10ul加无Rnase水990ul,稀释100倍成1ml。于0.5cm厚的石英比色杯中,以无Rnase水为对照,在721型紫外分光光度计下检测,结果应为:A260/280 ratio<1.6。
(9) 分离组织10mg(纯组织)加800ul Trizol试剂。
(10) 扩增产物的鉴定
DEPC处理方法如下:
1. DEPC处理
(1)DEPC水:100ml超纯水加入0.2ml DEPC,充分混匀,高压灭菌。
(2)Tip头(枪头)、EP管等在提RNA过程中及做RT时接触RNA的器材(包括1ml、200μl、20μl Tip头;EP管和PCR反应管等):用0.1%的DEPC水(1000 ml超纯水加入1ml DEPC)37℃浸泡过夜,高压灭菌。
2. 提取RNA,用DEPC水溶解
3. RT
我是用PCR仪来控制温度和时间的,所以RT是在PCR反戚信应管中作的。
4. 操作过程中要戴一次性手套,并经常换手套。
最好把要直接接触样品的东西都用DEPC水处理一下,枪头盒插好枪头后,加入1-2ml的0.1%DEPC水,在灭菌就行了;现在有进口的RNASE FREE的枪头买,直接用不用处理的.
如何消除污染
机器运行完后,取出PCR产物时不能随便丢弃,应该用塑料手套或其他打结包好后丢入垃圾桶。
(1) 试剂:mixer尽量分装,不要原瓶多次取用。
(2)加样:原则是DNA最后加,其他试剂按照体积大小从大往小的加。如果是同种引物和探针有多管的话只是DNA不同,那么采取的方法是算出总体积后加在一个管子里面,混合均匀之后再分装到各个管子里去,这样可以有效地避免误差及污染。
另外,普通实验室容易污染,且污染程度很高,与跑电泳还有质粒制备提取都在同一个房间里有比较大的关系,最容易造成高浓度污染的就是产物的开盖和质粒的稀释。
目 前,国内外各个公司提供的诊断试剂盒大多采用了UNG来防污染。Uracil-DNA N-glycosylase(UNG)尿嘧啶DNA糖基酶,来源于大肠杆菌重组克隆表达。
RNA定量
RNA也最好至少要用电泳,一方面定量,另一方面可以看看完整性。至于用分光光度计比较 不同标本之间就更不准了。
RNA的贮藏,最主要的是温度,-20不够,最好-80,液氮最保险
mRNA是不能代替蛋白水平的分析的,因为还有翻译效率和RNA降解速度 的影响
RT-PCR有两种做法:
条件具备的话可用kit进行一步法进行;若条件不太好的话可分两步进行逆转录再PCR。但后来发现两步法的结果更加理想,条带特异性强且无拖尾现象,我推测是体系更加单一比较利于PCR的进行
一定要做内参的,每一次,我想。不作内参的结果是不可信的
电泳可以不一起跑,没有关系,计算的是相对表达程度,半定量和定量RT-PCR做的都是基因相对表达 量,不是绝对表达量
mRNA的分离与纯化中
步骤(4)中将RNA溶液置65℃中温育然后冷却至室温再上样的目的有两个,一个是破坏RNA的二级结构,尤其是mRNA Poly(A+)尾处的二级结构,使Poly(A+)尾充分暴露,从而提高Poly(A+)RNA的回收率;另一个目的是能解离mRNA与rRNA的结 合,否则会导致rRNA的污染。所以此步骤不能省略。
下面,我们介绍一个可以确认RNA溶液中有没有残留的RNA酶的方法。
3)保温试验
方法很简单的,按照样品浓度,从RNA溶液中吸取两份1000 ng的RNA加入至0.5 ml的离心管中,并且用pH7.0的Tris缓冲液补充到10 ul的总体积,然后密闭管盖。把其中一份放入70℃的恒温水浴中,保温1 h。另一份放置在-20℃冰箱中保存1 h。
时间到了之后,取出两份样本进行电泳。电泳完成后,比较两者的电泳条带。如果两者的条带一致或者无明显差别(当然,它们的条带也要符合方法2中的条件), 则说明RNA溶液中没有残留的RNA酶污染,RNA的质量很好。相反的,如果70℃保温的样本有明显的降解,则说明RNA溶液中有RNA酶污染。
PCR污染与对策
)PCR扩增产物污染.这是PCR反应中最主要最常见的污染问题,所以,扩增区的仪器什么如枪头等要注意。
还有一种容易忽视,最可能造成PCR产物污染的形式是气溶胶污染;在空气与液体面摩擦时就可形成气溶胶,在操作时比较剧烈地摇动反应管,开盖时、吸样时及污染进样枪的反复吸样都可形成气溶胶而污染.据计算一个气溶胶颗粒可含48000拷贝,因而由其造成的污染是一个值得特别重视的问题.
1标本处理区,包括扩增摸板的制备;
2. PCR扩增区,包括反应液的配制和PCR扩增;
3. 产物分析区,凝胶电泳分析,产物拍照及重组克隆的制备。
各工作区要有一定的隔离,操作器材专用,要有一定的方向性。如:标本制备→PCR扩增→产物分析→产物处理。
切记:产物分析区的产物及器材不要拿到其他两个工作区。
使用一次性吸头,严禁与PCR产物分析室的吸头混用,吸头不要长时间暴露于空气中,避免气溶胶的污染;
操作多份样品时,制备反应混合液,先将dNTP、缓冲液、引物和酶混合好,然后分装,这样即可以减少操作,避免污染,又可以增加反应的精确度
反应液污染
可采用下列方法之一处理:
1. DNase I法:PCR混合液(未加模板和Taq聚合酶)加入0.5U DNase I,室温反应30 min后加热灭活,然后加入模板和Taq聚合酶进行正常PCR扩增。该方法的优点是不需要知道污染DNA的序列;
(三)尿嘧啶糖苷酶(UNG)法
由于UV照射的去污染作用对500bp以下的片段效果不好,而临床用于检测的PCR扩增片段通常为300bp左右,因此UNG的预防作用日益受到重视和肯定。
1、提取mRNA时所用的EP管、玻璃等器皿全部都要用0.1%DEPC水浸泡。然后烘干,高压灭菌,再烘干。
2、用DEPC水洗过后当然不能用双蒸水洗了。那你用DEPC处理还有什么意义呢?还要用双蒸水洗吗?
3、玻璃器皿干烤:180度,8小时或更长时间;小器皿也可以用少许氯仿处理一下。另外,铁制品、研砵等也可倒上酒精直接烧。
⑤ 蒸馏水、双蒸水、去离子水、超纯水、无菌水、DEPC水、无DNase与RNase
蒸馏水:distilled water, dH2O,用蒸馏方法得到的水,离子、有机物很少;
双蒸水:double distilled water,蒸馏两遍的水,离子、有机物比蒸馏水更少;
去离子水:deionized water,diH2O,用离子交换树脂去掉了大部分离子,但有机物等仍然存在;
成本:dd水>蒸馏水>去离子水纯净度Ultrapure water,
超纯水:UP水,去离子水、蒸馏水再加过滤、反渗透等方法去除几乎所有非水离子和有机物等。良好的超纯水可以代替甚至超过ddHO;
无菌水:通过各种方法灭菌后得到的水,蒸馏水、dd水、超纯水处理过程中是无菌的,但所有水随着储存时间的延长、器材使用时间的延长和处理不当,都可能重新滋生菌;
DEPC水:是用DEPC(diethyl pyrocarbonate)处理过并经过高温高压灭菌的超纯水,不含DNA、RNA和蛋白质;
无DNase与Rnase:无RNase水,通过各种方法过滤或灭活了RNase的水, DEPC水是一种无RNase水。
⑥ depc水和无酶水的区别
depc水和无酶水的区别在于DEPC水是用DEPC处理过并经高温高压灭菌的超纯水。
一化学
(1)化学(chemistry)是自然科学的一种,主要在分子、原子层面,研究物质的组成、性质、结构与变化规律,创造新物质(实质是自然界中原来不存在的分子)。世界由物质组成,主要存在着化学变化和物理变化两种变化形式(还有核反应)。
(2)不同于研究尺度更小的粒子物理学与核物理学,化学研究的原子 ~ 分子 ~ 离子(团)的物质结构和化学键、分子间作用力等相互作用,其所在的尺度是微观世界中最接近宏观的,因而它们的自然规律也与人类生存的宏观世界中物质和材料的物理、化学性质最为息息相关。
(3)作为沟通微观与宏观物质世界的重要桥梁,化学则是人类认识和改造物质世界的主要方法和手段之一。中文“化学”一词,若单是从字面解释就是“变化的科学”。化学如同物理一样,皆为自然科学的基础科学。
⑦ DEPC水是什么
DEPC水是用DEPC(diethylpyrocarbonate,焦碳酸二乙酯)处理过并经高温高压灭菌的MiliQ纯水。经检测不含RNase、DNase和proteinase
DEPC水可以用专于RNA沉淀的属溶解,含有RNA的各种反应体系如反转录、siRNA的退火等,以及其它各种要求无RNase、DNase和proteinase的反应体系
DEPC水是生物技术分子细胞实验中经常用到的试剂,它可以在RNAase free的要求下完成实验,避免RNAase的污染。。希望对你有用。